拉卡拉POS機公司的總部實際上位于北京。盡管拉卡拉公司在上海也有分支機構和運營中心，但公司的核心管理、研發和運營部門都位于北京。

首先，拉卡拉POS機公司作為一家在支付領域具有重要影響力的企業，其總部設置一般會考慮到公司的戰略規劃、研發實力以及市場布局。北京作為中國的首都，擁有豐富的金融、科技和人才資源，這為拉卡拉公司的長期發展提供了良好的環境。

其次，從地理位置上看，北京位于中國的中心地帶，交通便利，有利于拉卡拉公司與各地的合作伙伴、客戶以及政府部門進行溝通和交流。此外，北京作為中國的主要經ji中心之一、對于POS機行業的發展也具有重要意義。

雖然上海同樣是中國的重要經ji中心和金融中心，但與北京相比，拉卡拉公司在上海的分支機構更多的是承擔了業務拓展和市場運營的任務。這表明拉卡拉公司對于上海市場的重視，但并不意味著上海是公司的總部。

最后，需要指出的是，雖然拉卡拉POS機公司在北京設立了總部，但并不意味著上海的分支機構就相對較弱。事實上，上海的分支機構在拉卡拉公司的整體布局中扮演著重要角色，為公司的業務發展提供了有力支持。

綜上所述，拉卡拉POS機公司的總部位于北京，盡管上海也有重要的分支機構和運營中心，但北京是公司的核心所在。